Personalitatea patriarhului Justinian este una controversată. Pe de o parte există eticheta de „patriarh roşu”, pe de altă parte el este privit ca un salvator al Bisericii din România în faţa dictaturii comuniste. Cheia elucidării acestei problematici rezidă în capacitatea istoricului de a contura cât mai exact cadrul desfăşurării evenimentelor, pornind de la numirea ca patriarh şi până la ultimele lui clipe.

Cea mai delicată perioadă a fost însă cea comunistă. în faţa acestui solicitant episod al istoriei, creştinii au fost nevoiţi să aleagă între două atitudini: mărturisirea credinţei cu riscul suferinţei crunte şi al pierderii vieţii sau pactizarea cu regimul. Există o latură a acestei dileme care nu va putea fi lămurită niciodată prin mijloace istoriografice, aceea a convingerii personale, a experienţei lăuntrice a omului. Din această perspectivă, numai Dumnezeu îi poate judeca pe oameni, deoarece numai El ştie tot adevărul asupra celor petrecute. De multe ori, tocmai pentru că are în faţă complexitatea persoanei umane, istoricul nu poate trece un anumit prag, deoarece nu poate evalua dimensiunea (dacă este cazul) regretului, a pocăinţei celor care au slujit regimul într-un fel sau altul. în această situaţie, îndemnul lui Marc Bloch este de referinţă: „sunt însă momente în care datoria cea mai imperioasă a savantului este ca, după ce a încercat totul, să se resemneze cu neştiinţa şi să o mărturisească cinstit.”