Pentru că apariția Criticii rațiunii pure a condus la numeroase polemici și atacuri, la numai câțiva ani de la publicare Kant și-a reeditat opera, modificând sau schimbând cu totul anumite pasaje sau capitole pentru a-și face mai clar punctul de vedere contemporanilor săi. Rezultatul acestui efort de clarificare a condus însă la alte polemici, întrucât, din perspectiva unora dintre analiștii operei kantiene, modificările aduse sunt adeseori și expresii ale unei schimbări de gândire a lui Kant, produsă în intervalul dintre cele două apariții ale primei Critici. În cea de-a doua prefață a Criticii rațiuni pure, Kant opune metafizica matematicii, fizicii și logicii. Ultimele trei se bucură de un acord cu privire la conținutul lor intern, putând fi considerate de aceea științe veritabile, în timp ce metafizica, o întreprindere milenară a spiritului uman, „n-a avut până acum o soartă atât de favorabilă ca să fi putut apuca pe drumul sigur al unei științe”. Întrebările fundamentale ale metafizicii sunt cele privitoare la Dumnezeu, libertate, nemurirea sufletului. Dacă lumea a fost creată sau există dintotdeauna, dacă suntem noi liberi sau tot ceea ce facem nu este altceva decât rezultatul unei cauzalități exterioare nouă, sau dacă sufletul nostru este format dintr-o substanță nepieritoare – toate acestea sunt întrebări ce frământă mintea umană dintotdeauna și o vor preocupa și de acum înainte. Tocmai de aceea, Kant socotește că înainte de toate metafizica și interesul metafizic exprimă o „dispoziție naturală” a rațiunii umane. În ciuda acestei dispoziții naturale, rațiunea umană nu a reușit să acceadă la o cunoaștere certă, respectiv la o știință care să răspundă o dată pentru totdeauna unor atare întrebări.