Încă din anii de început ai activității sale științifice, Alexandru D. Xenopol s-a remarcat prin analize istorice, cu valoare incontestabilă, publicate în revista Convorbiri literare.

În perioada 1888 - 1893, Alexandru D. Xenopol a tipărit la Iași opera sa fundamentală, Istoria Românilor din Dacia Traiană, având șase volume și totalizând aproape 4.000 de pagini. Este prima prezentare sistematizată, analitică și complexă a istoriei românilor, din toate provinciile tradiționale, începând tratarea problematicii din cele mai vechi timpuri până la unirea din anul 1859. În scopul finalizării acestei sinteze, autorul a realizat cercetări îndelungate în arhive și biblioteci din țară ori din străinătate.

În elaborările sale surprinde structurile societății românești, dinamica evenimentelor, cauzalitatea și finalitatea acestora. De asemenea, prezintă aspecte fundamentale proprii vieții sociale, economice, politice, administrative, culturale și religioase, definitorii pentru români.

Abordând importanța teoriei în istorie, considerată ca una din principalele caracteristici ale acesteia, Alexandru D. Xenopol a insistat asupra perioadei când a apărut ideea unității naționale în conștiința poporului român. Pornind de la asemenea filozofie, prezintă, în esență, factorii favorabili ce au călăuzit unitatea genezei românești, traversând vremurile și ajungând la oportunitatea unității politice în timpul vieții sale. Opera lui Alexandru D. Xenopol, unitară ca sens, cuprinde o tematică diversificată, referitoare, de exemplu, la domniile lui: Stefan cel Mare (1871), Constantin Brancoveanu și Dimitrie Cantemir(1886), Scarlat Callimachi (1897), Alexandru Ioan Cuza(1903) sau despre Nicolae Kretulescu (1915); amplele referiri la confruntările militare dintre ruși și turci, prezentându-se urmările acestora pentruTarile Romane(1880); luptele politice interne între Drăculești și Dănești (1907) sau istoria partidelor politice în Romania (1910).